Импорт\экспорт дерева категорий

неужели такую задачу никто не решал?

«В лоб» задача решается относительно просто — загружается полностью всё с товарами после чего они удаляются.
Хотя логики нет — не зачем иметь категорию, не имея её содержимого.

или же во время импорта указывать свои категории, а не внешние (категории поставщика), для этого же надо предварительно составить каталог?

Для этого нужно «составить» файл для импорта с товарами в нужных категориях.

неужели нет отдельных плагинов, не связанных с товарами?

Не уверен, что существуют плагины для столь нелогичных задач. Тем более элементарных.
Хотя.. существуют масса плагинов для импорта. В ВС в тч.
Вот тот же wpallimport может импортировать всё. Будет ли он работать нелогично, без импорта контента. я не знаю.