Если вы спрашиваете про смену названия файла, то его изменить нельзя. Оно (название файла) должно быть именно style.css.
А если вы о внесении своих изменений в оформление сторонней темы, то используйте дочернюю тему http://codex.wordpress.org/Дочерние_темы. Поможет избежать основной проблемы новичков — «почему всё пропало после обновления?».
Style.css должен быть обязательно. В нём содержится информация о теме. Но вот использовать его на сайте совсем не обязательно. Переопределите путь в инициализации стилей на новый файл и всё.
