В общем задачу решил, нативных средств не нашел, вот такой подход буду иметь
$data = wp_get_attachment_metadata($attachId);
$uploadDir = wp_upload_dir();
add_image_size('100x100', 100, 100, true);
$editor = wp_get_image_editor($uploadDir['basedir'] . DIRECTORY_SEPARATOR . $data['file']);
$editor->resize(100, 100, true);
$path = $editor->save();
$data['sizes']['100x100'] = array('file'=>$path['file'],'width' => $path['width'],'height' => $path['height'],'mime-type'=>$path['mime-type']);
wp_update_attachment_metadata($attachments[0]->ID, $data);
Ну конечно нужны еще проверки наличия этого расширения, проверки ошибок и т.д. Но логика самой работы ресайза здесь представлена.