Как убрать с ЮРЛа product-category?

Где тут логика?

Логика в том, что product-category, как и штатные category и tag, подсказывают роутеру WP какую сущность запрашивают, а следовательно среди чего искать.

В Сети легко ищутся сниппеты, удаляющие «лишнее». Но я бы не советовал их использовать, потому что такие трюки — а это именно трюки — рано или поздно прекращают работать.