В header.php находите строку где написано:
<?php wp_enqueue_script("jquery"); ?>
После этой строки и подключайте любые js/jq
Например:
<script type="text/javascript" src="http://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1.6.4/jquery.min.js"></script>
или же скрипт лежащий в теме
<script type="text/javascript" src="<?php echo get_template_directory_uri(); ?>/js/fancybox/jquery.fancybox-1.3.4.pack.js"></script>
Можете обратиться к официальной документации для корректного подключения своих библиотек и скриптов.
