Не получается исключить категории и страницы.

сделай
print_r( get_option("name_excludecat") );
посмотри что приходит

эсли ничего не изменилось — значит эти параметры на страницу не приходят:)
посмотри в БД есть ли такая опция вообще, и что там есть в ней
да, и еще, старайся не использовать двойные и одинарные кавычки в одной строке.

можете привести их здесь?

такс, тебе надо id-шники категорий и постов(страниц)
true для этого не подходит, нужно числовое значение 🙂
т.е. option_value должно быть числом ( в данном случае ), внимательно посмотри где у тебя формирует и сохраняет параметры

нет не в этом,
вот тебе простой пример создания и работы с настройками темы

/* настройки темы, если надо */
$options = array('option_one'=>'','option_two'=>'');
add_option('theme_options', $options, 'Настройки темы', 'yes');

function theme_admin(){
    global $themename, $shortname;
    if ( $_REQUEST['saved'] ) { echo '<div id="message" class="updated fade"><p><strong>Настройки темы сохранены.</strong></p></div>'; }
    $options = get_option('theme_options');
?>
<div class="wrap">
    <h2>Настройки</h2>
    <form method="post">

        <table cellpadding="5" cellspacing="0" border="0">
            <tr>
                <td><label for="option_one">Настройка первая</label>&nbsp;</td>
                <td><input name="option_one" size="90" type="text" value="<?php echo $options['option_one']; ?>" /></td>
            </tr>
            <tr>
                <td><label for="option_two">Настройка вторая</label></td>
                <td><input name="option_two" size="90" type="text" value="<?php echo $options['option_two']; ?>" /></td>
            </tr>
        </table>
		<p class="submit">
			<input type="submit" name="save" value="Сохранить" />
			<input type="hidden" name="action" value="save" />
		</p>
	</form>
</div>
<?php
}
function theme_add_admin(){
    global $themename, $shortname, $options;
    if ( $_GET['page'] == basename(__FILE__) ) {
        if ('save' == $_REQUEST['action'] ) {
            update_option('theme_options',array('option_one'=>$_REQUEST['option_one'],'option_two'=>$_REQUEST['option_two']));
            header("Location: themes.php?page=functions.php&saved=true");
            die;
        }
    }
    add_theme_page( 'Настройки темы', 'Настройки', 'edit_themes', basename(__FILE__), 'theme_admin' );
}
add_action('admin_menu', 'theme_add_admin');

это проще

<input type="checkbox" name="<?php echo $pn_key; ?>" id="<?php echo $pn_key; ?>" value="true" <?php echo $checked; ?> />
если ты использовал это то внимательно посмотри на value
там должен быть id категорий или постов которые ты исключаешь

тогда давай свой исходник