Совместимость All in One SEO Pack и Polylang

Sitemar

Такого в природе нет. Есть sitemap.

Куда копать дальше?

Как минимум можно было сообщить адрес сайта (лучше адрес англ статьи)

На первый взгляд нет ничего, препятствующего индексации. Возможно ру-домен «мешает» + смешанный контент.
Такие вопросы стоит узнавать на спец. СЕО форумах.

Что же до сайтмапа — да, действительно постов на англ нет. Но вне зависимости от наличия их в сайтмапе индексированию это не перепрятывает.
..Если бы не одно НО — как гугл и пользователи должны узнать о наличии en-версии? Стоит вывести переключатель языков.

И попробовать перегенироровать/изменить настройки генерации сайтмапа. Может даже отключить эту возможность в AIOSP и поставить отдельный плагин.

И позвольте ещё пару рекомендаций «не по теме».
1. Повысьте версию php хотя бы до 5,6. см http://php.net/eol.php
2. Отключите и не пользуйтесь минимификацией. Профита никакого, а проблем доставляет.

Проблема в том, что по документации Polylang должен был прописать линк альтернате в хеаде, а его нет. Может прописать вручную?

Насколько я помню — в Polylangе есть виджет.
Но можно и вручную прописать, только правильно. См его документацию.

Что есть минимификаця?

Очепятка, сорри 😉 Минификация.

У Вас в коде я увидел:
<script type="text/javascript" defer src="https://starper55plys.ru/wp-content/cache/autoptimize/js/autoptimize_52b93fbd9d1c680743b9e5bb2ebafe27.js"></script>
Это делает какой-то плагин.

но всё-же как-то душу греет.

Разве что «радует глаз». Ни на что больше его попугаи влияния не оказывают.
Посмотрите ТОП — большинство сайтов не то, что не «зеленые», есть даже в серой зоне (или какая там «негативная»).
Почитайте http://searchengines.guru/showthread.php?t=945499

..а минификация — зло в большинстве случаев. 🙂