Галерея WP-3.5. и Lightbox 2

теперь у галереи записей есть встроенный лайтбокс

Это вряд ли.
Демо пагина на установке 3.5 работает.

У Вас подключено 2 jQuery скрипта типа лайтбокс — Lightbox (через плагин) и Pretty Photo — встроенный в тему. Поищите галочку в настройках темы, чтобы отключить Pretty Photo. Если такой настройки нет, можно подредактировать файлы темы, чтобы не загружать этот скрипт.

В теме, скорее всего в functions.php, есть код

<script type='text/javascript'>
jQuery(document).ready(function($){
    $(".post img, .one img").parent("a").attr("data-rel", "prettyPhoto[]");
})
</script>

Можно попробовать заменить его на

<script type='text/javascript'>
jQuery(document).ready(function($){
    $(".post img, .one img").parent("a").not('.gallery-icon > a').attr("data-rel", "prettyPhoto[]");
})
</script>

чтобы лайтбоксы не пересекались. Но лучше всего выбрать что-нибудь одно и им пользоваться.