Как сделать разные цвета у рубрик и меток?

Этого и нет в движке.

есть такая функция — body class
сделать разные цвета у рубрик и меток можно через body class и css
http://codex.wordpress.org/Function_Reference/body_class

Класс можно навесить только на этот контейнер целиком, а не по отдельности на каждую рубрику

Значит, надо шаблоны переписать так, чтобы можно было повесить на каждую в отдельности. Можно даже на каждую рубрику свой цвет прицепить, было бы желание.

есть такая функция — body class

Это не то. Надо чтоб ссылки на рубрики/метки разными цветами были.

PS Можно даже тупо регуляркой вычислять, куда ссылка ведёт, и в зависимости от этого класс вешать или инлайн-стиль. Хотя это ненадёжно и по-дурацки.

с ссылками в loop можно поступить так.
Создать свой аналог get_the_category_list( ', ' )
в functions.php прописать что-то в этом роде

function colored_cat_list($separator) {
  foreach((get_the_category()) as $category) {
    if ($category->cat_name == 'Голубое интересное') {
        echo '<a href="' . get_category_link( $category->term_id ) . '" class="blue" ' . '>'  . $category->name.'</a>';
    } else {
        echo $separator . '<a href="' . get_category_link( $category->term_id ) . '" ' . '>' . $category->name.'</a>';
    }
  }
}

в loop заменить <?php the_category(', ') ?> (или что у вас) на <?php colored_cat_list(', '); ?>
Примерно то же проделать с get_the_tags

и css прописать

ой, нашел пару ошибок, вот:

function colored_cat_list($separator) {
  foreach((get_the_category()) as $category) {
    if ($category->cat_name == 'Интересное') {
        echo $separator . '<a href="' . get_category_link( $category->term_id ) . '" class="blue" >'  . $category->name.'</a>';
    } elseif ($category->cat_name == 'Неинтересное') {
        echo $separator . '<a href="' . get_category_link( $category->term_id ) . '" class="brown" >'  . $category->name.'</a>';
    } else {
        echo $separator . '<a href="' . get_category_link( $category->term_id ) . '" >' . $category->name.'</a>';
    }
  }
}

Да, здесь имя рубрики.
Для добавления новых цветов используется elseif
После else — как выглядят все остальные рубрики (title не прописал)

да, с запятыми конфуз вышел, но сейчас некогда исправлять)