Это не проблема, так и должно быть.
index.php — это основной файл сайта. Если после слэша он не указан, то все равно именно он и запускается (или index.html и т.п.) Если в конфигурации иное не указано, конечно.
Символы после знака вопроса — GET-параметры. Они необязательны. Используются для самых разных целей.
А гугл не будет считать это разными ссылками на одну страницу?
Символы после знака вопроса — GET-параметры. Они необязательны. Используются для самых разных целей. — как сделать так, что бы отключить это и показывалась 404?
А гугл не будет считать это разными ссылками на одну страницу?
Нет, если в коде страницы указан canonical.
как сделать так, что бы отключить это и показывалась 404?
При отключенных ЧПУ движок именно через эти GET-параметры и «понимает» какую именно страницу нужно открыть. Они же используются обычно в формах поиска, например. Если по простому, то без них может перестать все работать.
P.S. Судя по параметру option=com_content у Вас сайт на Джумле. Поэтому Вы немного ошиблись форумом )
Нет, сайт на WP. Старый был на джумле, но его снесли до установки этого. Как такое возможно?
Ссылок с Джумловскими параметрами типа option=com_content сейчас у Вас там нет. Где Вы их берете? Просто руками в строку с URL подставляете? Так они ни на что не влияют. Тег canonical прописан. Так что в плане ссылок и дублей страниц всё нормально.