Отсутствует навигация в нескольких категориях

Не очень понятно, что вы имеете в виду под навигацией.
Покажите две картинки. На первой навигация есть, а на второй нет.

У вас стоит плагин wp-pagenavi.

Я так понял, у вас эта навигация показывается в категориях, но не показывается на главной?

Молодец.