Решили ли проблему с ЧПУ мультисайтов?

Имею ввиду пункт, который указан при установке и активации сети:

Постоянные ссылки по-прежнему будут работать, хотя на основном блоге (т.е. на первом из созданных) к адресам будет добавлен префикс blog, и они примут вид domain.com/blog/YYYY/MM/POSTNAME

Это сделано, чтобы предотвратить конфликты между страницами и новыми сайтами в режиме подкаталогов. На текущий момент нет простого способа это изменить, поскольку в этом случае WordPress не сможет автоматически разрешать конфликты между основным и дочерними сайтами. Это будет исправлено в одной из следующих версий WordPress.