Столкнулся сейчас с такой же проблемой — пару дней танцев с бубном (бэкапы, переустановки, плагины и т.д.), а ларчик просто открывался — надо установить в настройках времени ни город (стояла Москва), а GMT+3. Проблема была в отложенной публикации пунктов меню из-за неправильной записи времени в таблице WP.
Да, пункты меню удалить тоже не было возможности.
