Так и есть. На прямой доступ к каталогу по https выдается 403 статус.
Да, сайт синхронизируется с GIT. Есть удаленный репозиторий, который имеет копию сайта. Почему его не должно быть в корне сайта?
Neither, вот сразу ошибка из логов:
.htaccess: </IfModule> without matching <IfModule> section
Проще говоря, </IfModule> повторяется два раза.
Вирус внедряется для меркантильных целей, а тут просто недоступность сайта.
