Нашел решение, если кому интересно.
В файле темы functions.php прописал remove_action(‘template_redirect’, ‘redirect_canonical’); и все заработало.
чтобы главная страница сайта открывалась site.ru/ и site.ru/index.php. То что это одно и то же я знаю, вопрос как убрать редирект index.php — > /, чтобы открывалась главная страница через site.ru/ и site.ru/index.php
WooCommerce не использовал, URL в выдачи нормальные, но все равно лезут откуда то. Заблокировал их в robots.txt.