НАшел решение
В wp_list_categories указал include с нужными категориями. exclude и exclude_tree не срабатывают((
Убрать дубли страниц
Нашёл, что был конфликт из-за плагина WP Super Cache ( отключил его )
В чем именно не обнаружил, но временно работает.
Не совсем то. Тут работоспособность нестандартного URL
Адреса все стандарные и все нормально, кроме работы foo.com/index.php[категория]/
