Выход один, так как WPML Multilingual CMS сделали платным, и в старые бесплатные версии искусственно подсовывали багов то нужно отказаться от WP No Category Base — WPML compatible, а на его место прикрутить хук…
Сама проблема была связана с тем, что плагин вырезает напрочь %category% а вложенные рубрики прогонять не научился…
