Не понял проблемы.
«Нет в наличии» — это склад. К вариациям отношения не имеет.
Расскажите подробней что как делаете.
Проблема в следующем: при создании вариаций вручную поштучно — они создаются и корректно отображаются. При создании вариаций сразу пачкой, через «создать все вариации» — они не отображаются и выводится сообщение «Этого товара нет в наличии. Товар не доступен».