Как удалось выяснить, в местах заражений появляется папка с вот такими файлами.
Теперь открытый вопрос — как сделать так, чтобы эти файлы никогда и нигде больше не появлялись.
Кто желает проверить свой сайт на наличие таких проблем — пишите в гугл site:yoursite.com, пролистывается на последние страницы и проверяйте выдачу на наличие этого дерьма