Попробовал версию 4.5 RC2 ошибка присутствует.
Скорее у этого хостера именно из-за его админ панели и не получится, так как при переходе в закладку управление поддоменами в пункте добавить поддомен есть только %поле ввода%.domain.com и папка создается внутри public_html
Спасибо всем, побеседую с хостером, если не разрешит создать как нужно, то перееду.
Создал заново субдомен, создалась папка /sub я ее переименовал в /sub.domain.com но теперь если набрать domain.com/sub.domain.com попадаю к index.php а если набрать просто sub.domain.com сервер выдает ошибку Internal Server Error
У хостера старая DirectAdmin v1.45.4, попробую ваш вариант, может тоже получится.