В вордпрессе 2.7 изменился вывод комментариев, древовидность и все такое…
comments.php — комментарии для движка начиная с версии 2.7, а comments-legacy.php используется, если движек младших версий
Вот: http://www.sonika.ru/blog/wordpress/novinki-wordpress-27.htm (смотрим Древовидные комментарии)