В конфиг апача добавить
<Directory /var/www/html/>
AllowOverride All
</Directory>
Потом включить a2enmod rewrite
и потом выдать права,
Передать родителя файлу: chown :www-data /var/www/html/.htaccess
Права на запись chmod 664 /var/www/html/.htaccess
После чего рестрартануть сервер service apache2 restart и все
Сайт это код, а не папка или архив с html и css файлами
Просто папкой вы не перенесете сайт в ВП.
Но можно перенести код с файлов из папки в ВП, само собой сохраняя структуру самого сайта (его дерево)
но по структуре действительно получается что вордпресс есть — сайт
а созданный сайт будет как бы в сайте.
Поэтому импортировать сайт можно, просто перенести код html и css в вордпресс
такое только в плагине может быть