Я уже нашел отличный плагин https://wordpress.org/plugins/media-sync/
Позволяет загрузить через FTP сразу все папки с изображениями и зарегистрировать на сервере. Структура сохраняется, нет мусорки в Uploads.
Мета-данные хочу добавить в изображения для быстрого поиска и массового удаления из библиотеки (в моем случае это тысячи фото за 1 раз). Как это сделать?
И еще один вопрос — поиск в библиотеке работает только по имени или по метаданным тоже?
@efess спасибо, это пока лучшее решение