jQuery на внешней части сайта подключается не автоматически, а только если используется плагинами или темой. В 3.6 в этом плане ничего не изменилось.
Добавьте фрагмент в functions.php темы:
function my_scripts() {
wp_enqueue_script( 'jquery' );
}
add_action( 'wp_enqueue_scripts', 'my_scripts' );
а куда именно это вставить?
