Спасибо большое всем, разобрался, буду пробовать все варианты.
Я понимаю что файлам сделать права только на чтение, удалить все ненужное, и вирус не сможет уже изменять файлы, которые не следует. Но все же если он присутствует в коде, он может как-то нагружать сайт, ну или как минимум портить настроение тем,что где-то есть, а понять где не получается…
Спасибо, осилил и понял как защитить, а с этим вирусом кто-то сталкивался или нет?